鳥類
鰹鳥Boobies
在聖克里多夫島的比提點是有機會同時看到藍腳鰹鳥blue footed booby、紅腳鰹鳥red footed booby和面具鰹鳥masked booby的登岸點。這三種鰹鳥都是高速飛行與潛水的高手，牠們可以從近二十公尺的高空中，瞄準水中的魚，高速潛水捕獲之後，並且盡可能在水中將魚吞進肚子，以免被軍艦鳥搶走。
很多人把藍腳鰹鳥視為到加拉巴戈首選要觀賞的動物之一，淺棕色與白色的身體，黑色的趐膀，加上藍色的嘴與雙腳長得已夠可愛了，再加上類似跳舞、鞠躬、展趐，與像小丑樣的行動，讓牠成為加拉巴戈的明星。
面具鰹鳥全身是白的，但翅膀是黑的，加拉巴戈大部份的島嶼均可看到。
紅腳鰹鳥是加拉巴戈三種鰹鳥體型最小數量最多的一種，紅腳藍嘴是其特徵。
軍艦鳥Frigatebird
也是很多人到加拉巴戈最想看到的鳥類之一，軍艦鳥最吸引人的時候就是在求偶期間雄鳥脖上的紅色氣囊會充氣像足球一樣大以吸引雌鳥。軍艦鳥是所有會飛的鳥類中，翼長與體重比最大的鳥，翼寬可達2.3公尺，使牠成為空中飛行的好手。由於軍艦鳥的羽毛防水的情況並不好，因此不能像其它的海鳥潛水捕魚，使牠成為空中的掠奪者。
她會從空中抓住較小的鳥，並且搖晃讓剛捕到魚的較小的鳥吐出魚之後，再去搶食掉在空中的魚，不折不扣的空中海盜。
加拉巴戈的軍艦鳥華麗軍艦鳥Maginficent frigatebird和大軍艦鳥Great frigatebird。
弱翅鸕鶿flightless cormorant
世界上只有兩種不會飛的海鳥sea birds，企鵝和弱翅鸕鶿，弱翅鸕鶿是加拉巴戈特有種，牠的祖先應該是會飛的，可是當牠們落腳在加拉巴戈時，牠們的棲息地並沒有天敵，所以翅膀的功能就退化了，飛行能力也退化，反而像企鵝一樣加強了游泳和潛水的能力。弱翅鸕鶿的數量不多目前大約只有七、八百對，主要棲息地在伊貝爾島和佛南迪納島。
加拉巴戈企鵝Galapagos penguins
生活最北的企鵝，也可以說是北半球唯一的企鵝，主要是因為來自南極的洪堡寒流讓這裡溫度下降，企鵝才能在此生長。
波紋信天翁 waved albatross
它是棲息在加拉巴戈唯一的信天翁，也是加拉巴戈最大型的鳥類，平均體重約5公斤，但翼寬可達2.4公尺，目前數量約有12000千對。就如同其它的信天翁一樣，如果不是撫育期間，信天翁可以經年在海上活動，不必棲息在陸地。
紅嘴熱帶鳥 red-billed tropicbird
它的尾巴很長，有兩隻羽毛長得和身體一樣，相當好認。
燕尾海鷗swallow-tailed gull
加拉巴戈特有種的鳥類，是世界上是唯一夜行性的海鷗，身體是灰白色，紅色的腳和紅色眼眶，白天通常可看到牠站在岩石上。
熔岩海鷗lava gull
世界上數量最少的海鷗，目前大約只剩400對。
棕鵜鶘Brown pelican
玄燕鷗Brown noddy tern：棕鵜鶘在吃魚時，經常可以看牠在附近，甚至站在棕鵜鶘頭上，搶食魚肉。
暗尾海燕Dark-rumped petrel
奧杜邦鸌Audubon’s shearwater
暴風雨海燕Storm petrel 加拉巴戈最小的海燕
大藍鷺Great blue heron
熔岩鷺Lava heron
綠鷺Striated heron
黃頂夜鷺Yellow-crowned night heron
牛背鷺Cattle egret
紅鶴Greater flamingo
美洲蠣鷸American oystercatcher
黑鵛高腳鴴Black-necked stilt
半蹼鴴Semi-palmated plover
翻石鴴Ruddy turnstone
磯鷸Sandpiper
達爾文雀 Darwin’s Finches
這些看起不怎麼起眼的雀鳥，可能是影響人類思潮最重要的動物之一，島上的13種達爾文雀都源自相同的祖先，這些達爾文雀定居在加拉巴戈群島之後，發現這裡沒有天敵也很少有競爭者，加上不同的島嶼之間的距離讓達爾文雀不能相互交配，於是每個島嶼演化出不同的達爾文雀，每個島嶼內因食物鏈的不同，達爾文雀的演化情況也不同，而食物量也影響達爾文雀的數量同，細長尖嘴的是吃昆蟲的，像三角錐般的喙則是吃種子，還有吃仙人掌的，同樣鳥卻發展出完全不同特色，使科學家稱這是一種微形的進化，而且讓我們親眼目睹。十三種達爾文雀名稱如下：
1. 大仙人掌雀Large cactus finch
2. 大地雀Large ground finch
3. 中地雀Medium ground finch
4. 仙人掌雀Cactus finch
5. 尖嘴雀Sharp-beaked ground finch
6. 小地雀Small ground finch
7. 啄木鳥雀Woodpecker finch
8. 樹雀Vegetarian tree finch
9. 中樹雀Medium tree finch
10. 大樹雀Large tree finch
11. 小樹雀Small tree finch
12. 鶯雀Warbler finch
13. 紅樹林雀Mangrove finch
以下連結有比較詳細的說明，並且有圖片比較。
http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/S/Speciation.html
加拉巴鷹Galapagos hawk
倉鴞 Barn owl
短耳鴞Short-eared owl
朱紅霸鶲Vermilion flycatcher
加島蠅霸鶲Large-billed flycatcher
三斑嘲鴉Mockingbirds
北美黃林鶯 Yellow warbler
暗嘴美洲鵑Dark-billed cuckoo