爬蟲類
加拉巴戈巨龜或稱象龜Giant Tortoise，西文為Galapagos

共有14個亞種，其中三個亞種，已經被人類獵捕而絕種，目前剩下約一萬五千隻，在達爾文研究中心可以看到復育中的巨龜，但仍有部份野生巨龜在聖克里斯多夫島上。
加拉巴戈巨龜可達250公斤重，比牠剛從蛋殼出來時重3000倍，壽命大約可達150歲。加拉巴戈巨龜最著名的一隻就是寂寞的喬治Lonesome George，牠是屬於鞍背亞屬Saddleback，目前只剩一隻公的，美國聖地牙哥動物園曾送一隻母龜來交配但都未成功。

太平洋綠蠵龜Percific green sea turtle
加拉巴戈海域出現了多種不同海龜，但只有太平洋綠蠵龜在加拉巴戈產卵，這種大海龜最重可達150公斤，如果浮潛能看到這個大傢伙，一定是難忘的經驗。太平洋綠蠵龜每年十二月到隔年六月之間交配，他們會在靠近岸邊的海域交配，母龜在夜間上岸產卵，經過六十天的孵化，小龜就破殼而出，集體走過沙灘進入大海，開始面對險惡的海洋世界，幸運的存活下來的海龜會回到同一個地點產卵。

鬣蜥Iguanas
共有三種加拉巴戈特有的鬣蜥：海鬣蜥Marine iguana，世界上唯一一種可以在海中生活的蜥蜴，在加拉巴戈的島上很容易在岩石上看到，身體是暗色略黑，公的海鬣蜥在交配期會變成明亮的藍色或紅色，長達一公尺的身長，像鱗狀的皮膚，還有會小聲噴氣的鼻子，都讓海鬣蜥看起來一隻傳說中的龍。海帶是海鬣蜥的主食，曾有記錄顯示，它可以潛到12公尺深，在水中可停留一小時。
另外兩種是陸鬣蜥Land iguana，加拉巴戈陸鬣蜥Galapagos land iguana和聖塔菲陸鬣蜥Santa Fe land iguana，兩種外觀長得很像，習性也差不多，主要的食物是仙人掌，身體偏黃，體型比海鬣蜥還大一些，有些可達6公斤。

熔岩蜥蜴Lava lizard：在岩石上經常可看到，有七個亞種。
壁虎Gecko
加拉巴戈蛇Galapagos snake：是一種無毒的蛇。

哺乳動物
海豹、海獅、海狗的區別
海豹：我們在南極常看到的各種海豹例如豹海豹Leopard Seal, 象海豹Elephant Seal, 威德海豹Weddle Seal，食蟹海豹Crab Eater Seal的特色就是有後腳，但己退化所以不能走都是用爬行的，而且沒有凸出的外耳。
海狗：海狗就是我們在南極特別是南喬治亞最常看到的毛海豹Fur Seal，公的和母的體型可達四倍，身體長了很長很密的毛，是早期獵人最喜歡獵殺取毛皮的海上動物之一，有一陣子幾乎絕種。它不能用後腳走路，在陸地上只能爬行，而且有凸出的外耳。
海獅：海獅Sea Lion，有明顯的後腳而且可以走路，很多海洋樂園會訓練海獅做做為表演之用，有凸出的外耳。
再簡化一點的說明是，海豹和海狗的差別是前者沒有凸出的外耳，後者有。海獅可以用後腳走路，海豹和海狗都不行。
加拉巴戈海獅Galapagos sea lion：在加拉巴戈群島大有五萬隻左右，公海獅地域性很強，而且體型大可達250公斤重，也有攻擊性，有時會把潛水的人趕出水面，也有咬傷人的記錄，但母海獅和小海獅很會玩，常常和潛水者玩在一起。
公海獅會在岸上佔地盤，統領一群最多可達30隻的母海獅，母海獅會照顧小海獅到六個月大。
加拉巴戈毛海豹Galapagos fur seal：在十九世紀就被濫捕到快絕種，目前己很不容易看到牠們的蹤影。